대개 용종절제술 후 출혈과 천공이 가장 문제가 됩니다. 시술 중 일어나는 출혈은 즉시 처리를 할 수 있기 때문에 문제가 되지 않습니다. 그러나 시술 후 시간이 지나 일어나는 지연성 출혈은 저절로 멈추기도 하지만, 출혈이 지속되면 대장내시경을 다시 시행하여 지혈해야 합니다. 용종절제술 후 천공은 대개 시술 중 클립봉합으로 해결하지만, 천공 부위가 커서 클립봉합이 어려운 경우에는 수술로 천공부위를 봉합할 수 있습니다. 따라서, 대장 용종 절제술의 경우 반드시 경험 많고 잘하는 의사를 찾아가야만 합니다.